Heeft u een diagnostisch monster of een in celkweek gekweekte virale stock die u nader wilt karakteriseren? Dan hebben we een snelle methodologie om virale sequencing van het hele genoom uit te voeren en het volledige genoom aan u te leveren:
We zorgen ook voor meer geavanceerde virale genoom data-analyses met behulp van onze (veterinaire) pathogene genomics-expertise:
We gebruiken fylogenetische analysemethoden (bijv. Maximum likelihood) om de genetische verwantschap en evolutionaire relatie tussen verschillende stammen te analyseren. Fylogenetische bomen kunnen worden verrijkt met stammen waarvan de sequentie is bepaald bij PathoSense, vaccinstammen en openbaar beschikbare genomen van GenBank. Analyses kunnen worden uitgevoerd op hele genoomsequenties en kunnen zich ook richten op specifieke genen van interesse.
In sommige onderzoeksgebieden is het belangrijk om dieper in de nucleotidesequenties te graven en te zien hoe deze de vertaling naar eiwitsequenties beïnvloeden. Voor genen van belang kunnen nucleotide- en aminozuurvergelijkingen worden gemaakt met bepaalde referentiestammen.
Sommige virussen hebben de mogelijkheid om genen uit te wisselen tussen genomen van verschillende stammen. Dit proces wordt recombinatie genoemd, een veel voorkomend verschijnsel bij coronavirussen en het porcien reproductief en respiratoir syndroomvirus. Met de volledige sequentie is het mogelijk om het optreden van recombinatiegebeurtenissen te analyseren en mogelijke ouderstammen af te leiden.